Tại phiên tòa, đại diện Viện kiểm sát đã luận tội đối với từng nhóm bị cáo theo các tội danh “Nhận hối lộ; Đưa hối lộ; Môi giới hối lộ; Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ; Lừa đảo chiếm đoạt tài sản”. 

Theo đánh giá của Viện Kiểm sát, vai trò nhận hối lộ nhiều nhất trong vụ án là bị cáo Phạm Trung Kiên. Đây là bị cáo có hành vi phạm tội đặc biệt nghiêm trọng, nhận hối lộ nhiều nhất, thủ đoạn trắng trợn nhất, nên đề nghị Hội đồng xét xử tuyên án tử hình.

Đối với nhóm các bị cáo bị xét xử về tội "Nhận hối lộ", cựu Thứ trưởng Bộ Ngoại giao Tô Anh Dũng bị đề nghị tuyên án 12-13 năm tù; Nguyễn Thị Hương Lan, cựu Cục trưởng Cục Lãnh sự 18-19 năm tù; Nguyễn Thanh Hải, Vụ trưởng Vụ Quan hệ Quốc tế 7-8 năm tù; Bị cáo Nguyễn Quang Linh, cựu Trợ lý Phó thủ tướng bị đề nghị tuyên án 7-8 năm tù; Vũ Anh Tuấn, cán bộ Cục Quản lý xuất nhập cảnh 19-20 năm tù.

Trong 24 bị cáo phạm tội "Đưa hối lộ", người bị đề nghị án phạt cao nhất là Lê Hồng Sơn, Tổng giám đốc Công ty BlueSky, từ 11-12 năm tù; còn Nguyễn Thị Thanh Hằng, Phó tổng giám đốc công ty này bị đề nghị tuyên 10-11 năm tù. 22 bị cáo còn lại bị đề nghị tuyên từ 12 tháng đến 11 năm tù.

Liên quan tới cáo buộc "chạy án", bị cáo Nguyễn Anh Tuấn, cựu Phó giám đốc Công an TP.Hà Nội bị đề nghị 6-7 năm tù về tội "Môi giới hối lộ"; còn bị cáo Hoàng Văn Hưng, cựu Trưởng phòng 5, Cơ quan An ninh Điều tra, Bộ Công an bị đề nghị tuyên phạt 19-20 năm tù về tội "Lừa đảo chiếm đoạt tài sản".

Sau khi nêu rõ hành vi, quá trình phạm tội của từng bị cáo, đại diện Viện kiểm sát nêu những vấn đề phát sinh tại phiên tòa.

Qua hành vi phạm tội của bị cáo Phạm Trung Kiên (cựu Thư ký Thứ trưởng Bộ Y tế) thấy rằng, cũng cần phải kiến nghị để điều tra làm rõ hành vi và trách nhiệm của ông Đỗ Xuân Tuyên, Thứ trưởng Bộ Y tế, là người ký công văn chấp thuận gửi Bộ Ngoại giao duyệt cấp phép cho các chuyến bay để xử lý trong giai đoạn 2 của vụ án.

Tại phiên tòa, bà Ngô Thị Lan Phương là chị gái của bị cáo Ngô Quang Tuấn giao nộp cho Hội đồng xét xử 1 tập chứng cứ là tài liệu tin nhắn cho rằng đây là tin nhắn trao đổi giữa bà Phương và bị cáo Nguyễn Thị Tường Vy, thể hiện giao dịch dân sự (vay mượn và góp vốn mua đất) giữa bị cáo Nguyễn Thị Tường Vy và Ngô Thị Lan Phương. Xét thấy, hành vi của Ngô Thị Lan Phương có dấu hiệu của tội Che giấu tội phạm, cần tiếp tục điều tra làm rõ trong giai đoạn 2 của vụ án.

Phần thẩm vấn công khai tại phiên tòa cho thấy, một số bị cáo có dấu hiệu của tội Rửa tiền, đề nghị tiếp tục điều tra làm rõ trong giai đoạn 2 của vụ án.